Llyn hir a chul yw Malawi; rhwng 560 a 579 km o hyd a 75 km o led yn ei fan lletaf. Yn ei fan dyfnaf, mae'n cyrraedd dyfnder o 709 medr. Ceir mwy o rywogaethau o bysgod yn y llyn yma nag yn unrhyw lyn arall yn y byd. Ceir dwy ynys a phoblogaeth arnynt yn y llyn, Likoma a Chizumulu, y ddwy yn perthyn i Malawi.
Y brif afon sy'n llifo i mewn iddo yw afon Ruhuhu, ac mae afon Shire yn llifo allan, i ymuno ag afon Zambezi. Enwyd ef yn Lyn Nyasa gan David Livingstone, yr Ewropead cyntaf i gyrraedd y llyn, yn 1859. Ym Malawi gelwir ef yn Lyn Malawi, ond mae Tansania yn defnyddio "Llyn Nyasa". Mae rhywfaint o anghytunbeb rhwng Malawi a Tansania am union leoliad y ffîn rhwng y ddwy wlad ar draws y llyn.